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山東農業大學在煙草分子標記大數據平臺建設上取得新進展

2018-07-03  來源:山東臨沂煙草有限公司  閱讀次數: 
 

  近日,山東農業大學在煙草分子標記大數據平臺建設上取得了新進展,相關研究成果以Comparative genome-wide characterization leading to simple sequence repeat marker development for Nicotiana為題,發表在Web of Science收錄的Q1類雜志《BMC Genomics》上。

  煙草分子標記是煙草分子育種等基礎研究和應用研究的有力工具,隨著7個煙草基因組數據資源的釋放,針對于這些基因組大數據進行分子標記挖掘和分析工作也迫在眉睫。山東農業大學煙草系聯合中國科學院昆明植物研究所、美國喬治亞大學、云南省農業科學院和云南煙草農業科學研究院構建了煙草分子標記分析與應用平臺(http://biodb.sdau.edu.cn/tmpd/index.html)。

山東農業大學在煙草分子標記大數據平臺建設上取得新進展

  煙草分子標記大數據平臺包含有2483032個SSRs(1到10重復單元),其中1到3單元的占到全部的98%。基于這些位點信息,開發了1224048個NIX(non-redundant Nicotiana)分子標記,這些標記中99.98%的都是之前未曾報道的新標記。借助分子生物學試驗,開發并驗證了這些標記的準確性和可靠性。進而提供了一個煙草分子標記大數據查詢、瀏覽、下載、分析的平臺,該平臺是到目前為止煙草分子標記大數據信息挖掘最全面的平臺。

  中國科學院昆明植物研究所的王學文研究員為文章第一作者,山東農業大學楊龍副教授與美國喬治亞大學的美國科學院院士Jeffrey L. Bennetzen為并列通訊作者,此研究得到了山東省現代農業產業技術體系煙草創新團隊基金的支持。

 

 

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