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山東農業大學在煙草農業大數據平臺建設上取得新進展

2018-02-26  來源:山東農業大學  閱讀次數: 
 

  近日,山東農業大學在煙草農業大數據平臺建設尤其是煙草遺傳育種數據庫構建上取得了新進展,相關研究成果以GAN: a platform of genomics and genetics analysis and application in Nicotiana為題,發表在Web of Science收錄的Q1類雜志《數據庫(Database)》上。

  煙草種質資源是培育優質、高產、抗病蟲害、抗逆煙草新品種的材料基礎,優異的種質材料是育種工作取得突破性進展的關鍵。隨著新一代測序技術的發展,煙草基因組數據資源豐富,針對于這些大數據進行挖掘和分析的工作也迫在眉睫。因此山東農業大學煙草系聯合中國農業科學院煙草研究所和玉溪中煙種子有限責任公司構建了煙草種質資源和基因組分析與應用數據庫(GAN,http://biodb.sdau.edu.cn/gan/ )。

山東農業大學在煙草農業大數據平臺建設上取得新進展

  數據庫共包含有資源、基因分析、生物信息學工具和輔助4個模塊。資源模塊中包括目前已知最多的5,267份煙草種質資源和9個煙草基因組數據及其詳細信息;基因分析模塊主要是針對9個煙草基因數據掃描了2,239條KEGG代謝通路及209,949個基因家族,并開發了3,963,119個基因組SSR標記、10,621,016個SNP標記和12,388 PIP標記及其引物;生物信息學工具模塊中開發整合了僅針對于煙草數據的在線分析工具,包括Blast、SSR掃描、引物設計、氨基酸轉蛋白、電子PCR驗證和煙草基因組瀏覽器Jbrowse;輔助模塊主要是提供了數據下載、數據分析和數據庫中英文使用說明等。GAN提供了一個煙草遺傳育種數據查詢、瀏覽、下載、分析的大數據平臺,該平臺是到目前為止煙草種質資源與煙草大數據信息挖掘最全面的綜合性數據庫。

  山東農業大學為第一完成單位,山東農業大學煙草系研究生楊帥和中國農業科學院煙草研究所張興偉副研究員為文章并列第一作者,山東農業大學楊龍副教授為通訊作者。此研究得到了山東省現代農業產業技術體系煙草創新團隊基金的支持。

  文章地址:https://academic.oup.com/database/article/doi/10.1093/database/bay001/4898179?searchresult=1

 

 

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